公害糾紛調處將由各縣市政府公害糾紛調處委員會進行調處作業，倘若雙方調處成立，調處書將於7日內送至法院審核(核定)，並得強制執行；倘若雙方不合意，於調處不成立之通知送達14日內將可申請裁決。
另除得依公害糾紛處理法申請調處與裁決外，亦可循民事訴訟途徑解決紛爭。

公害糾紛事件產生時，可循下列管道處理：
● 管道1：糾紛當事人可與污染者進行和解。
● 管道2：糾紛當事人可申請鄉鎮市調解委員會進行調解。
● 管道3：糾紛當事人可循民事訴訟途徑解決紛爭。
● 管道4：糾紛當事人可向直轄市、縣(市)政府環保局陳情。
(1) 地方環保局將派員前往查處，了解污染及損害情形，並查處該事件是否造成民眾傷亡或財產損失。
(2) 倘若發現有造成民眾傷亡或財產損失，當地直轄市、縣(市)政府將啟動「公害糾紛緊急紓處小組」，進一步勘查現場污染狀況及受害情形，並通報環境部(綜合規劃司)。
(3) 倘若紓處結果未達成雙方合意，亦可申請調處，倘若調處不成立且屬損害賠償事件，亦可申請裁決。
(4) 環境部(綜合規劃司)將督導直轄市、縣（市）政府迅速進行蒐證調查及處理作業，環境部(相關業務單位)則提供地方環保局蒐證調查作業必要之支援。
● 管道5：糾紛當事人可向直轄市、縣(市)政府申請調處，倘若調處不成立且屬損害賠償事件，亦可申請裁決。

行政院環境保護署於101年起辦理「公害糾紛法律扶助計畫」，扶助項目包括法律諮詢(透過電話或預約面談、視訊)、法律文件撰擬、公害糾紛紓處、調處、裁決或民事調(和)解、民事訴訟代理，以協助受害民眾爭取權益。民眾如果有相關公害糾紛法律扶助需求，可於週一至週五早上8:30至下午5:30撥打公害糾紛法律扶助免付費專線0800-085-015諮詢與申請，經確認案件性質及資格條件符合規定，將協助進行公害糾紛法律扶助服務。